Den 30. maj 1955 markerede en betydningsfuld dag i Helligkors Kirke, da Menighedsbørnehaven blev åbnet for første gang. Med stor forventning blev de allerførste børn indskrevet, og en ny æra for tidlig barndomsuddannelse begyndte.

Institutionen blev officielt indviet den 22. september 1955, takket være Pastor S.N.S. Gundtofts engagerede indsamlingsarbejde, som samlede midler til børnehavens etablering. De Samvirkende Menighedsplejer bidrog generøst, og med offentlig støtte stod det klart: Her var Københavns mest moderne børnehave klar til at tage imod op til 105 nysgerrige børn.

Dengang var børnehavens formål at give børnene en grundlæggende opdragelse i den kristne tro, hvilket afspejledes i bestyrelsens sammensætning, der bestod af repræsentanter fra tre kirker samt De Samvirkende Menighedsplejer.

Den 1. april 1971 skete der en spændende ny udvikling; børnehaven blev delt op i to mindre enheder, hver med plads til 52, senere 53 børn. Denne beslutning kom efter ønske fra personalet og fik støtte fra kommunens pædagogiske konsulenter, der mente, at mindre institutioner ville give en mere nærværende og kvalitetsfuld oplevelse for børnene.

Den 1. september 2006 blev Troldpilen på 1. sal lukket ned, og Linden blev udvidet med en ekstra stue, hvilket bragte kapaciteten op på 73 børn, herunder 10 små spirer i alderen 2-3 år. Børnene fra Troldpilen blev overført til Linden, hvor de tidligere medarbejdere også fortsatte deres virke.

En ny spændende fase begyndte den 20. februar 2012, da Lindens vuggestuegruppe åbnede dørene, hvilket øgede børnetallet til 81, herunder 20 vuggestuebørn.

Den 1. august 2018 fandt endnu en ændring sted: vuggestuegruppen blev opnormeret til 22 børn, mens børnehaven blev nednormeret til 60. På den måde voksede det samlede antal børn til 82, hvilket vidner om institutionens fortsatte udvikling og tilpasning til børns behov.

I 2025 er vi i  Linden 84 børn  fordelt på vuggestue og børnehave.